SERVICIOS · bioinformática · RNA-SEQ
Análisis de RNA-seq y expresión diferencial
Del FASTQ a la lista de genes que cambian entre tus condiciones y su interpretación biológica, con un pipeline reproducible y documentado.
4,8 / 5 en Google · 25 reseñas de investigadores
Preguntas que responde este análisis
- ¿Qué genes cambian entre mis condiciones?
- ¿En qué procesos biológicos participan?
- ¿Cómo se agrupan mis muestras?
- ¿Y si mi organismo no tiene genoma de referencia?
ANÁLISIS QUE HACEMOS
Del FASTQ a la interpretación biológica
Elegimos las herramientas según tu organismo y tu diseño, y no nos quedamos en la lista de genes: interpretamos los resultados en tu contexto biológico.
Control de calidad
Para partir de lecturas fiables antes de cualquier análisis.
INCLUYE
- Calidad de los FASTQ
- Eliminación de adaptadores
- Filtrado de lecturas
- Informe de calidad
Alineamiento y cuantificación
Para saber cuánto se expresa cada gen en cada muestra, con o sin genoma de referencia.
INCLUYE
- Alineamiento al genoma
- Cuantificación de la expresión
- Ensamblaje de novo
- Anotación del transcriptoma
Expresión diferencial
Para identificar qué genes cambian entre tus condiciones y cómo se agrupan tus muestras.
INCLUYE
- Normalización
- Genes diferenciales
- Volcano plot
- Heatmaps y PCA
Interpretación biológica
Para saber en qué procesos participan los genes que cambian y qué significa en tu sistema.
INCLUYE
- Términos GO
- Vías biológicas
- Anotación funcional
- Interpretación en tu contexto
¿Tienes datos de single-cell RNA-seq?
También los analizamos: agrupamiento de células, identificación de tipos celulares y expresión diferencial. Cuéntanos tu proyecto en una videollamada.
EL RESULTADO
Resultados que entiendes y puedes publicar
Informe interactivo · Ejemplo con datos ficticios
QUÉ RECIBES
Un informe interactivo que entiendes
- Tablas y gráficos listos para publicar.
- La interpretación de cada resultado, en lenguaje claro.
- Apartado de métodos con referencias y citas.
- Una hora de asesoría para resolver tus dudas.
PUBLICADO CON NUESTROS ANÁLISIS
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PUBLICADO CON NUESTROS ANÁLISIS
Sobre el análisis de RNA-seq
¿Qué archivos necesitáis?
Los FASTQ originales que te entrega el servicio de secuenciación y una tabla con la información de cada muestra: condición, réplica y, si lo hay, lote. Si tienes dudas, lo vemos en la videollamada.
¿Y si mi organismo no tiene genoma de referencia?
Ensamblamos el transcriptoma de novo a partir de tus lecturas y lo anotamos con bases de datos de organismos cercanos, para poder hacer la expresión diferencial y la interpretación funcional.
¿Cuántas réplicas necesito?
Cuantas más réplicas biológicas tengas, más potencia tendrás para detectar cambios reales. Si todavía no has secuenciado, te ayudamos a decidirlo en una asesoría.
¿Qué herramientas usáis?
Las elegimos según tu organismo y tu diseño. Todo el proceso es reproducible y queda documentado en el apartado de métodos, con referencias y citas.
¿Cuánto cuesta?
Depende del número de muestras, de comparaciones y de si hace falta ensamblar el transcriptoma. Después de la videollamada gratuita te enviamos el presupuesto por escrito, sin compromiso.
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