Análisis metagenómico
El análisis metagenómico es una técnica cada vez más utilizada por su capacidad para describir comunidades microbianas desde los puntos de vista taxonómico-ecológico y funcional.
Tras la obtención de las secuencias llega el momento de entender los datos. El análisis metagenómico puede resultar muy complicado y, en algunos casos, requiere de gran capacidad de cómputo.
Hayas secuenciado todo el genoma de tu comunidad (metagenómica s.s.) o sólo algún marcador filognético (metataxonomía), nosotros te ayudamos en todas las fases del análisis de datos metagenómicos:
- QC y Preprocesamiento: Quality Control (QC), filtrado por calidad y longitud, recortado de lecturas, eliminación de adaptadores.
- Ensamblado: Ensamblado de lecturas, análisis de calidad, visualización de resultados.
- Asignación taxonómica: metataxonomía, ASV, OTU.
- Análisis ecológico: Alfa-diversidad, Beta-diversiadad.
- Análisis funcional: Análisis de enriquecimiento, términos GO, rutas metabólicas.
¿ Listo?
QC y Pre-procesamiento
Las muestras crudas suelen contener algunas lecturas de mala calidad o de corta longitud. Las últimas posiciones de cada lectura tienen un decaimiento en la calidad. En ocasiones, existe algún contaminante o algún adaptador del secuenciador. Para evitar que esto afecte al análisis metagenómico, es necesario realizar un control de calidad y un preprocesamiento de las muestras.
- Quality Control (QC)
- Filtrado por calidad
- Recortado de lecturas
- Eliminación de adaptadores
Assembly
Tras tener las lecturas filtradas y con una buena calidad, llega el momento de ensamblar las lecturas para obtener los contigs. En este punto es importante elegir un ensamblador adecuado y evaluar el resultado final para evitar posibles errores del ensamblaje como las quimeras. Además, según el número de lecturas, este paso suele requerir de una capacidad de cómputo superior. Nosotros te ofrecemos nuestra experiencia en el análisis metagenómico para realizar el ensamblado de tus muestras.
- Ensamblado de lecturas
- Visualización de resultados
- Eliminación de quimeras
- Re-ensamblado
Asignación taxonómica
Tras ensamblar las muestras, ya es posible saber qué especies componen tu comunidad utilizando algún marcador filogenético (rRNA 16S, ITS, etc.). Este es un paso clave en el análisis metagenómico para describir la comunidad.
- Asignación taxonómica
- Metataxonomía
- ASV
- OTU
Análisis ecológico
A partir de los taxones identificados en tu comunidad, te ofrecemos un análisis ecológico completo. Analizamos la alfa-, beta- y gamma-diversidad y exploramos los cambios en la diversidad y la composición taxonómicas en función de tus factores de estudio.
- Alfa-diversidad
- Beta-diversidad
- Análisis Univariante
- Comparación de comunidades
Análisis funcional
Tras describir la comunidad es momento de caracterizarla por medio del análisis funcional ecológico o metabólico. Esto se puede realizar a partir de las funciones ecosistémicas de los taxones encontrados, o bien, a partir de los genes predichos después del ensamblaje.
- GO
- KEGG
- Análisis de enriquecimiento
- Análisis de rutas metabólicas
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