SERVICIOS · BIOINFORMÁTICA · MICROBIOTA
Análisis de microbiota: 16S, ITS y 18S
Bacterias, hongos y otros eucariotas a partir de secuenciación de amplicones (metataxonómica), con lecturas cortas o largas, para tu proyecto de investigación. Del FASTQ a resultados interpretados en tu contexto biológico.
4,8 / 5 en Google · 25 reseñas de investigadores
Preguntas que responde este análisis
- ¿Qué microorganismos hay en mis muestras?
- ¿Cambia la comunidad entre mis grupos?
- ¿Qué taxones se asocian a mi variable de interés?
- ¿Cómo evoluciona la microbiota a lo largo del tiempo?
ANÁLISIS QUE HACEMOS
De las secuencias a la ecología de tu comunidad
Elegimos las herramientas según tu marcador, tu plataforma y tu diseño, e interpretamos los resultados en el contexto ecológico o clínico de tu estudio.
Control de calidad
Para obtener secuencias fiables y las variantes presentes en cada muestra.
INCLUYE
- Filtrado de lecturas
- Eliminación de quimeras
- ASV u OTU
- Lecturas cortas y largas
Asignación taxonómica
Para saber qué microorganismos hay en cada muestra y en qué proporción.
INCLUYE
- Bacterias y arqueas (16S)
- Hongos (ITS)
- Eucariotas (18S)
- Otros marcadores
Diversidad
Para comparar la riqueza y la composición de las comunidades entre grupos.
INCLUYE
- Diversidad alfa
- Diversidad beta
- Ordenación (PCoA, NMDS)
- PERMANOVA
Abundancia diferencial
Para identificar qué taxones cambian entre tus grupos o condiciones.
INCLUYE
- Taxones diferenciales
- Composición por grupo
- Heatmaps
Relación con otras variables
Para relacionar la microbiota con variables clínicas, ambientales o de tratamiento, también a lo largo del tiempo.
INCLUYE
- Variables clínicas y ambientales
- Estudios longitudinales
Funciones y redes
Para estimar qué funciones podría tener la comunidad y cómo se relacionan sus miembros.
INCLUYE
- Predicción funcional
- Redes de coocurrencia
¿Necesitas saber qué funciones tiene realmente la comunidad?
Con la metagenómica shotgun se estudian directamente todos los genes de la comunidad. Ver metagenómica.
EL RESULTADO
Resultados que entiendes y puedes publicar
Informe interactivo · Ejemplo con datos ficticios
QUÉ RECIBES
Un informe interactivo que entiendes
- Tablas y gráficos listos para publicar.
- La interpretación de cada resultado, en lenguaje claro.
- Apartado de métodos con referencias y citas.
- Una hora de asesoría para resolver tus dudas.
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PREGUNTAS FRECUENTES
Sobre el análisis de microbiota
¿Qué archivos necesitáis?
Los FASTQ originales, una tabla con la información de cada muestra (grupo, momento, variables de interés) y qué marcador y región se secuenciaron. Si tienes dudas, lo vemos en la videollamada.
¿Amplicones o metagenómica shotgun?
Los amplicones (16S, ITS, 18S) dicen qué microorganismos hay y son más económicos. La metagenómica shotgun secuencia todos los genes y permite estudiar también las funciones. Si dudas, te ayudamos a elegir en una asesoría.
¿La predicción funcional sustituye a la metagenómica?
No. Es una estimación a partir de la taxonomía: útil para explorar, pero no mide los genes directamente. Te explicamos sus límites para que la interpretes con cautela.
¿Trabajáis con lecturas largas?
Sí. Analizamos tanto lecturas cortas de Illumina como lecturas largas de Nanopore o PacBio, por ejemplo del 16S completo.
¿Cuánto cuesta?
Depende del número de muestras, de marcadores y de los análisis que hagan falta. Después de la videollamada gratuita te enviamos el presupuesto por escrito, sin compromiso.
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