análisis transcriptómico
El análisis transcriptómico es una técnica fundamental para estudiar la expresión génica y comprender los mecanismos biológicos que operan en una célula o comunidad en diferentes condiciones.
Después de la obtención de las secuencias, llega el momento de profundizar en los datos. El análisis transcriptómico puede ser complejo y, en muchos casos, requiere de un procesamiento computacional intensivo.
Ya sea que estés analizando transcriptomas de organismos individuales o de comunidades complejas, nosotros te acompañamos en todas las fases del análisis transcriptómico:
- QC y Preprocesamiento: Control de calidad (QC), filtrado por calidad y longitud, recortado de lecturas, eliminación de adaptadores.
- Ensamblado: Ensamblado de lecturas, evaluación de calidad, visualización y análisis de contigs.
- Anotación: Identificación de genes, anotación funcional y estructural, asignación de rutas metabólicas.
- Análisis de expresión diferencial: Normalización de datos, identificación de genes diferencialmente expresados, análisis estadístico.
- Análisis funcional: Análisis de enriquecimiento, términos GO, rutas metabólicas y biológicas.
¿Listo
qc y preprocesamiento
Las muestras crudas suelen contener algunas lecturas de mala calidad o de corta longitud. Las últimas posiciones de cada lectura tienen un decaimiento en la calidad. En ocasiones, existe algún contaminante o algún adaptador del secuenciador. Para evitar que esto afecte al análisis metagenómico, es necesario realizar un control de calidad y un preprocesamiento de las muestras.
- Quality Control (QC)
- Filtrado por calidad
- Recortado de lecturas
- Eliminación de adaptadores
Assembly
Tras tener las lecturas filtradas y con una buena calidad, llega el momento de ensamblar las lecturas para obtener los contigs. En este punto es importante elegir un ensamblador adecuado y evaluar el resultado final para evitar posibles errores del ensamblaje como las quimeras. Además, según el número de lecturas, este paso suele requerir de una capacidad de cómputo superior. Nosotros te ofrecemos nuestra experiencia en el análisis metagenómico para realizar el ensamblado de tus muestras.
- Ensamblado de lecturas
- Visualización de resultados
- Eliminación de quimeras
- Re-ensamblado
anotación
Después del ensamblado, es crucial identificar las características funcionales de las secuencias obtenidas. La anotación consiste en asignar funciones biológicas a las secuencias, utilizando bases de datos especializadas. Este proceso ayuda a entender qué genes se están expresando en la muestra y sus posibles funciones dentro del sistema estudiado. Nosotros utilizamos una combinación de enfoques basados en homología y predicción de dominios para garantizar una anotación precisa y exhaustiva de los genes en tus datos transcriptómicos.
- Anotación funcional y estructural
- Anotación basada en bases de datos (e.g., NCBI, KEGG, UniProt)
- Detección de genes de interés
- Anotación de rutas metabólicas y biológicas
análisis de expresión diferencial
Este análisis permite identificar qué genes o transcritos están diferencialmente expresados entre diferentes condiciones o tratamientos. Es una herramienta fundamental para entender cómo los organismos responden a diversos estímulos o cambios ambientales. Nuestro equipo puede ayudarte a realizar un análisis robusto y a interpretar los resultados obtenidos.
- Normalización de datos
- Identificación de genes diferencialmente expresados
- Visualización de resultados (volcano plots, heatmaps)
- Análisis estadístico y validación de resultados
análisis de enriquecimiento
Una vez identificados los genes diferencialmente expresados, el análisis de enriquecimiento te permite descubrir qué funciones biológicas, procesos moleculares o rutas metabólicas están sobrerrepresentadas en el conjunto de datos. Esto proporciona una visión más profunda de los mecanismos biológicos subyacentes.
- Análisis de enriquecimiento GO (Gene Ontology)
- Enriquecimiento de rutas (e.g., KEGG, Reactome)
- Visualización de términos enriquecidos
- Interpretación biológica de los resultados
Desbloquea el potencial de tus datos de expresión génica
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